Чаршијата со Калето во позадина во 1920-тите
Почетокот на XX век се одликува со бројни немири и војни, како и големи промени во стопанскиот живот, предизвикани од раширувањето на капиталистичките општествени односи и развојот на градските населби. Во текот на Првата светска војна била причинета штета во чаршијата, па во првите години по војната е забележан нејзин развој преку обновување на старите трговски и занаетчиски објекти. Во тоа време, чаршијата територијално се проширила и преку Камениот мост, на десниот брег од реката Вардар, сè до железничката станица.
Појавата на Големата криза во светот во раните 1930-тите имала голем одраз и врз трговијата во чаршијата. Дошло до раслојување и осиромашување на занаетчиството, зголемување и на невработеноста и на задолженоста. За текот на овие години во чаршијата сведочи и репортажата на Љубо Стојовиќ во весникот „Вардар“ од 1934 година, во која тој ја исакнува монотоноста и здодевноста во чаршијата и како трговците ги молат купувачите да купат. Тој, исто така, ја споменува и запуштеноста на безистенот и тоа дека е затворен како тврдина и издаван под кирија.
За време на Втората светска војна, чаршијата била целосно економски умртвена и била користена за потребите на НОБ во Вардарска Македонија. Така, во неа биле подготвувани илегални акции, а служела и како засолниште за припадниците на НОБ. Во близина на Исхак-беговата (Шарена) џамија се наоѓа куќа во која од 1942 до 1944 година престојувале и се состанувале членови на Покраинскиот комитет на КПЈ за Македонија и на Оперативниот штаб. Во непосредна близина пак на Камениот мост, на местото на денешната зграда на Комерцијалната банка, имало куќа во која била сместена првата илегална работилница за оружје, муниција и диверзантски материјал.
Периодот на војната е време во кое биле причинети огромни штети и загуби во самата чаршија и во нејзината околина. Чаршијата останала без своето еврејсо население, чијашто депортација кон концентрациониот логор Треблинка започнала на 11 март 1943 година. Истата 1943 година, бугарските фашистички власти ја ограбиле и опожариле црквата „Св. Богородица“, која се наоѓала во непосредна близина на чаршијата, а за време на бомбардирањата на Скопје била уништена и Јигит-пашината џамија. До темел била разурната и синагогата Бет Јаков. Од црквата „Св. Спас“, бугарските власти го разглобиле иконостасот, со намера да го префлат во трезорите на Народната банка, но по војната истиот бил вратен во црквата.
По завршувањето на Втората светска војна, просторот на чаршијата, повторно, се преворил во главен трговски центар во градот. Во тој период, под раководство на Заводот за заштита на спомениците и културата, за првпат започнало систематско истражување и проучување на чаршијата како споменик од непроценлива вредност, кое имало за цел да пронајде начини за нејзина понатамошна заштита.
На 26 јули1963 со силниот земјотрес кој го погодил Скопје, голем број на дуќани биле целосно разрушени. Од културно-историските знаменитости, речиси целосно разрушени Сули ан, Капан ан, џамиите Араста и Казанџилер, и Ѓулчилер амам. Делумно разрушени биле Чифте амамот, Куршумли ан, црквата „Св. Спас“, Безистенот, џамијата Ќосе Кади и Султан-муратовата џамија.
Денешен изглед на улица низ чаршијата
Обновувањето на разрушената Скопска чаршија продолжило по земјотресот, за чијашто цел до израз доаѓа примената на современ градежен материјал. Во раните 1970-тите биле обновени водоводната и канализационата мрежа, а било извршено и поплочување на улиците низ чаршијата и отстранување на турската калдрма. Во тој период, исто така, бил изграден и мост со стоковна куќа над булеверот Гоце Делчев, со чија помош биле споени отсечените делови од чаршијата. Кратко потоа, започнало и обновувањето на речиси целосно разрушените Капан ан и Сули ан, по што биле обновени и останатите културно-историски знаменитости, кои претрпеле штети со земјотресот. Освен тоа, некои градби биле посветени на културата и уметноста, а биле изградени и нови, како што се групата згради во рамките на Музејот на Македонија и Музејот на современата уметност.
Во ноември 2006, во чаршијата беше поставен споменик на Скендербег. Македонскиот премиер, Никола Груевски, во 2010 година изјави дека Старата скопска чаршија е вклучена во проектот „Скопје 2014“, најавувајќи започнување на проект за ревитализација и заштита на чаршијата. Непосредно пред споменикот на Скендербег, над булеварот Гоце Делчев и веднаш до мостот кој ги поврзува Даут-пашиниот амам и црквата „Св. Димитрија“ со остатокот од чаршијата, на 17 јануари 2012 година беше поставен камен-телник за изградба на плоштадот „Скендербег“.
