За подобро организирање на животот на слободната територија, посебно во Западна Македонија, со наредба на Главниот штаб на НОВ и ПОМ беа организирани референтства задолжени со одделни области (ресори). Едно од нив беше Верското референтство, кое од името на ГШ презеде активности за организирање на слободен верски живот.
Малку познато дека на 11 октомври 1943 година Главниот штаб на НОВ и ПОМ, чие седиште било во с. Црвена Вода, Охридско, донел одлука и за формирање верско поверенство, а по само неколку дена е назначен и првиот верски референт, дебарскиот свештеник Вељо Тасев Манчевски (Брошица, Дебарско 17. IV. 1905 – Скопје, 23. I. 1962). Сите негови наредби и решенија биле задолжителни за сите свештеници и црковни општини на ослободената територија.
На 27 октомври 1943 година, Вељо Манчевски како верскиот референт на Главниот штаб на НОВ и ПОМ испраќа циркуларно писмо до свештениците во парохиите на слободната територија на Македонија во кое стои:
„Народно-ослободителната војска, во борбата за слободата на македонскиот народ, ослободи еден дел от територијата на Македонија. Во таја ослободена територија се најдуе и вашето село. Народно-ослободителната војска на Македонија, на таја ослободена територија заведуе ред, законитост и дисциплина, на која треба да се покорујат како поедини лица, така и извесни управни тела, било верски било от друг карактер.
При Главниот штаб на Н. О. В. и П.О. на Македонија има и одговорно лице по верските работи – верски референт. Како верски референт по Источно-православната вера при Главниот штаб, јас долу-потписаниот, сметам за потребно да ви дадам извесни упуства за вашата работа во иднина:
1. Со успоставуењето на Народно-ослободителната власт престанујат да важат сите закони и наредби от бившата окупаторска власт.
2. Се кинат сите верски врски со верските установи што се најдувајат надвор от територијата на ослободената македонска земја.
3. Сите свештеници на ослободената територија административно потпаѓаат под власта на Главниот штаб на Н.О.В. и П.О на Македонија.
4. Сите свештеници својата верска работа со населението ја извршујат по правилата на Источно-православната црква како и до сега што беше (венчавка, погребуење, крстење и други верски работи).
5. Матичните и други книги да се водат на македонски јазик.
6. Строго се забранува на сите свештеници да земајат високи такси за исполнуењето на верските обреди.
7. Сите спорој (брачни или други) што ќе се појават, свештениците требе да ги достават на Околиското Намесништво на ослободената територија, које ќе биде скоро избрано, или до Главниот штаб, пред да биде избрано Намесништвото.
8. За сите работи, који ќе се појават во текот на работата, а истите не са изложени во писмово, веднаш да се извести Намесништвото за саветуење и за разрешуење.
9. Се задолжујат сите свештеници во својата парохија да држат проповеди во који ќе му кажат на народот дека Народно-ослободителната војска не прави никакви пречки на вероисповедувањето и дава полна слобода на свештениците да си ја вршат својата верска работа како и до сега.
10. Досегашното споменуење на епископот Христофор се забрануе, пошто истиот е надвор от ослободената територија, а ќе се споменујат само Православни Архиепископи и Епископи – без име. Исто така, на ектенијата (црковно пеење) ќе се споменуе Народно-ослободителната војска т.е. „Ешче молимсја о Народно-ослободителном воинствем“.
(АМ. – Ф. НОБ. К. 35, арх. бр. 543 (Објавен: 36. АС-НОМ. д. 13, стр. 83 – 85.)
Со ова циркуларно писмо до свештениците на слободната територија во Македонија од 27 октомври започнува современата документарна историја на шестдецениската борба на македонскиот народ за извојување и признавање на автокефалноста на Македонската православна црква. Истовремено со оваа наредба, за македонското православно свештенство и де јуре престанала секаква туѓа црковна јурисдикција.
Во првиот акт на верското поверенство упатени до свештениците во парохиите на слободната територија на Македонија, покрај другото, за првпат се зборува и за јазикот во црковната администрација, односно „матичните и другите книги да се водат на македонски јазик“. Сепак, историското значење на овој документ се состои и во тоа дека претставува и почеток на конечното решавање на македонското црковно прашање.
Набрзо по ова било одржано и првото свештеничко собрание на ослободената територија. На 23 октомври 1943 во Издеглавје, Охридско, на собранието на кое присуствувале 11 од 13 свештеници, а во присуство на претставници на повеќе народноослободителни одбори, биле донесени значајни одлуки. Меѓу другото, било формирано првото архијерејско намесништво на ослободената територија, за прв намесник бил избран свештеникот Антим Поповски, а намесништвото било поделено на 9 парохии
Според составот, карактерот и донесените акти, свештеничкото собрание во новата историја на МПЦ е земено како основа врз која единствено можеше да се решава македонското црковно прашање. Неговите акти се и првите документи во конечното осамостојување на МПЦ.
Во октомври 1944 во Врановци е формиран иницијативен одбор за организирање на црковниот живот во Македонија, а набргу потоа биле направени подготовки за избор на делегати за Првиот црковно-народен собор, на кој требало да се утврди основата на идната положба на црквата во Македонија.
На 4 март 1945, во салата на Офицерскиот дом во Скопје, во присуство на над 300 делегати, свештеници и мирјани, се одржал првиот македонски. На Соборот едногласно била донесена следната резолуција: 1. Да се обнови Охридската архиепископија како македонска самостојна црква, која нема да биде потчинета на која и да било помесна национална православна црква; 2. Црквата да има свои народни епископи и народно свештенство за да се почитуваат карактерните особености на македонскиот народ и тој да биде поблизок со својата родна црква; 3. Првиот македонски архијереј да носи титула Охридски архиепископ, а православната црква во Македонија, Светиклиментова Oхридска Aрхиепископија.
