Пресметката со учесниците на бунтот на некои воени единици во Скопје и во Штип е повод во македонските работи во почетокот на 1945 година да се вклучи сојузната ОЗН-а.
Македонската ОЗН-а веќе во септември 1944 година во Кавадаречко, Ресенско и во некои други подрачја има стрелано помали групи означени како народни непријатели, но со доаѓањето на сојузната ОЗН-а почнуваат помасовни стрелања без судења во Кумановско, Велешко, Скопско, Тетовско и во Гостиварско.
Македонија се ослободува во ноември 1944 со исклучиво домашни сили, во соработка со странски мисии. На чело на државата се наоѓа Президиумот на АСНОМ со Методија Андонов-Ченто. Постојат одредени размислувања за целосно ослободување на сите делови на Македонија со стапување во врска со тамошните македонски единици. Пречка за заминување на македонската војска за Солун се големите сили и договорот од Јалта, кои не се согласуваат со менување на границите на Грција од 1912-1941.
Комунистичката партија на Југославија на чело со Јосип Броз Тито, не сакајќи да ги комплицира односите со сојузниците, не се ни обидува да делува на овие одлуки. Стравот од прогласување на независност на Македонската држава е втора но најзначајна причина. Во таа насока, КПЈ инсталира свои кадри, луѓе кои никогаш не биле запознаени и не учествувале во Народно-ослободителната војна во Македонија. Предводени од Лазар Колишевски следните години го дезавуираат раководството и скоро сите членови на Президиумот се осудени и отстранети од власта.
Тоа исто така е период на елиминација на осомничените „народни непријатели“ поради соработка со окупаторот.
Во Македонија почнува борба за власт, која трае некаде до крајот на 1947 година, а што ја води Комунистичката партија. ОЗН-а и служи како инструмент на насилство. На удар на партијата се:
- Интелигенцијата (особено високообразованите кадри и учениците на повисоките класови од гимназиите во Битола, Струмица, Прилеп, Кавадарци, Велес и др.);
- Поимотните луѓе во градовите и селата;
- Македонското православно свештенство.
Интелигенцијата доаѓа во судир со власта, бидејќи не ја прифаќа опцијата за решавање на македонското прашање исклучиво во рамките на Југославија. Тие сметаат дека постои историска шанса за обединување на Македонија со помош на САД и на Велика Британија и под нивни протекторат до целосна независност. Припадниците на таа група не биле меѓусебе организациски и политички поврзани, иако имало повеќе изолирани мали кружоци.
Раководството на КП преку ОЗН-а јавното дејствување и искажаните мисли и замисли на тие луѓе го оквалификува како „непријателско дејствување против народот и државата“. Иако тие заговарале демократизација на политичкиот живот во земјата, воспоставување и други гласила покрај „Нова Македонија“ (тоа го барал на пример Илија Чулев), ним им е судено како на заговорници за „насилно рушење на државата“. Методија Андонов – Ченто, на пример, е осомничен за намера да пребега во Грција за таму да формира терористички чети за напад врз властите во југословенскиот дел од Македонија. На тие луѓе им се наместени судски процеси и осудувани се на долгогодишна робија, а некои од нив на смрт. Таков е случајот и со некои гимназијалци, кои, како на пример во Струмица, веднаш се стрелани, а некои други го загубиле животот во затворите.
Поимотните луѓе во градовите и во селата, иако најголем дел од нив го помагал партизанското движење, осудувани се на долгогодишен затвор за да им се земе имотот и да се создаде база на државна сопственост. Така е уништуван економскиот граѓански слој во Македонија и земјата е комплетно пролетаризирана.
Спорот со православното свештенство избива во врска со прашањето за статусот на Православната црква во новата македонска држава. Македонското свештенство бара автокефална Македонска Православна Црква. Раководството на КПМ ја лансира идејата за Југословенска православна црква, во чии рамки Македонската православна црква би имала автономија. Поаѓајќи од тој став, партијата го осудува барањето на свештениците за автокефална Македонска православна црква прогласувајќи го за сепаратистичко и непријателско кон државата. Бидејќи би се компромитирала ако јавно брани таква политика, партијата преку ОЗН-а и преку нејзините соработници настојува и успева да конструира случаи за компромитација на угледните свештеници во тоа време, тврдејќи дека тие се крадци и неморални, за да може да ги затвори и осуди.
Бидејќи припадниците на интелигенцијата, на економски имотниот слој на градот и на селото и на свештенството не биле меѓусебе политички и организациски поврзани, КП зазема став во најголем дел од судењата на таквите луѓе да се докаже нивна поврзаност со ВМРО на Ванчо Михајлов.
Имено, ВМРО како политичка организација на Македонците можеше да биде центар што би прераснал во политички конкурент на КП. Намерата, пак, процесите против опонентите на КП без оглед на кој слој на населението припаѓале, да бидат водени така што ќе се докаже дека обвинетите биле поврзани со ВМРО на Ванчо Михајлов, имала цел осудуваните да ги поврзе со терористичка организација и споменот за ВМРО да остане само спомен за она што било под раководство на Ванчо Михајлов. Специфична непријателска средина партијата утврдила во малцинствата, особено во турското и во албанското малцинство, и спрема тие луѓе е водена политика на елиминација.
Целта на раководството на КП била да создаде општество во Македонија во согласност со ленинистичките принципи на Комунистичката партија. Се барало и интелигенцијата и свештенството да се приспособат на тие принципи и да се елиминира секаква можност на слобода и плурализам во економијата, во политичкиот и во општествениот живот. Паралелно се градеа и институциите на македонската држава, првпат во поновата историја. Но и тој процес и’ беше подреден на потребата од комплетна доминација на КП во животот на македонското општество. Затоа беа елиминирани барем половината од оние што ги градеа државата и државните институции. Така на пример, од вкупно 22 члена на Иницијативниот одбор на АСНОМ, 10 члена се изложени на репресија, а од вкупно 22 члена на Президиумот на АСНОМ, 11 се изложени на репресија.
Според првата и единствена официјална “Информација за преземените мерки на органите на власта спрема државјани на Р. Македонија за кои во периодот 1945-1993 година се располагало со основани сомненија дека дејствувале за формирање самостојна и обединета Македонија”, изработена од МВР во 1993 година, во периодот 1945-1985 година вкупно во Македонија биле откриени 105 илегални групи и организации со над 1.200 припадници, чие дејствување било насочено кон отцепување на Македонија од заедницата на југословенските народи и создавање самостојна и обединета Македонија.
Од нив од слобода биле лишени 1.045 припадници на илегалните групи и организации, од кои 242 биле осудени на смрт или на временска казна до 15 години.
Во периодот од 1945 до 1980 година се одржале околу 700 политички процеси против членовите и припадниците на тајните организации и групи, на кои биле изречени стотици смртни пресуди и долгогодишни затворски казни.
За бројот на прогонуваните, затвораните и осудуваните лица со поинакви политички убедувања од постојниот комунистички режим доволно говорат 14.000 политички досиеја што ги водела Службата за државна безбедност при МВР и 22.000 затворски досиеја на затворените политички лица во затворот Идризово, или вкупно 36.000 досиеја. Тоа се политички досиеја на лица (од разни возрасти и професии – револуционери, интелектуалци, лекари, студенти, обични и полуписмени селани, лица во поодмината возраст и ученици-гимназисти, деца на 16 години), затворани, осудувани, прогонувани и стрелани во периодот 1945-1985 година од новата македонска комунистичка власт, затоа што се бореле за независна Република Македонија и за идеалите на ВМРО.
Според неофицијални податоци, во периодот 1949-1951 биле затворени 7.330 средношколци, а само во затворот “Идризово” биле затворени 2.500 политички затвореници.
