Манастирот одигрува огромна улога и за време на Илинденското востание. Во него прибежиште наоѓале локалните чети. Тука биле планирани акциите за време на Илинденското востание, монасите зеле активна улога за време на востанието, а и самиот манастир бил нападнат и заземен при неговото задушување. Манастирот одиграл улога и при налетот на туѓите пропаганди, особено на српската.
Лука Џеров во своите спомени, запишува:
Јероѓакон Јосиф
„Имаше еден ѓакон Јосиф, калуѓерче во манастирот Пречиста, кој се наоѓа до градот Кичево. Тој ѓакон, родум од Крушево, беше идеално момче, умно, чесно, со цела душа предадено на нашата идеја. Се сметавме за подредени на Централниот комитет и дејствувавме во согласност со Уставот. Манастирот Пречиста имаше најголемо значење за да успее нашето дело. На ѓакончето Јосиф населението гледаше како на светец и многу му веруваше. Тој агитираше од амвонот, се` врз основа на евангелието. Таму луѓето често одат, таму се даваа клетви, таму го направивме првиот склад со оружје, оттаму тоа се делеше во почетокот итн.
Во манастирот имаше четворица калуѓери и двајца свештеници кои не учествуваа во нашата работа. И игуменот Софрониј е светец, родум од Вранештица, Кичевско. И тој беше вклучен, помагаше со пари, дозволуваше се` да се работи во манастирот, помагаше со совети, со молитви. Сите го почитуваат и го сакаат и до ден-денешен. Со помош на ѓакончето и индиректната помош на игуменот, делото успеваше. Следната година заминав за учител во Кичево и истовремено му бев секретар на новоназначениот владика, Козма. Тој дотогаш беше претседател на општината. Во Кичево затекнав организиран комитет од ѓакончето и учителите. Останав во текот на 1897/8, а во текот на учебната 1898/9 и 1899/1900 година бев инспектор на селските училишта во целата епархија. Ги обиколував кичевските и дебарските села. Во таа обиколка ја ширев идејата, главно меѓу учителите“.
„Горскиот“ началник Лука Ѓеров со кичевска чета. Често престојувал во манастирот Пречиста каде заедно со сесрдна помош се организирале плановите за ослободувањето на кичевско
