По обновувањето на Бугарското царство во 1185 година, од Охридската архиепископија се издвоиле епископиите од Бугарија, формирајќи ја Трновската патријаршија. Во 1218 година покрај Трновската патријаршија, се издвоила и Рашката епископија, така што се формирала Српската архиепископија. Од 1230 до 1280 година Охридската архиепископија изгубила голем дел од својата територија, која подоцна повторно ги повратила.
Во овој период мнозинството од населението го сочинувале Македонци. Во 1891 г., католичкиот кардинал J. Pitra објавил 155 документи од Охридската архиепископија, која била дел од Епирската држава, од времето на архиепископот – Demetrius Homatian (1216-1235), каде што Македонците се споменати преку 50 пати и се забележува дека тогашните Македонци се изјаснувале по народност како Македонци. Така од синодалните акти на Архиепископијата се гледа дека Иван Иеракар од село Власто, денешно Велесто, Охридско, бил по род Македонец.
Во текот на овој период Охридската архиепископија ја зачувала својата автокефалност и угледност. Оттука, по навлегувањето на српските војски и освојувањето на Македонија, архиепископот Никола, во 1346 година, учествувал на прогласувањето на српскиот архиепискот за патријарх и крунисување на Душан за цар.
Седиштето на Охридската архиепископија во Охрид поптпаѓа под власта на Неманиќи за време на владеењето на царот Стефан Душан. Во ова време во границите на Душановата држава се нашле две афтокефални цркви: Печката патријаршија и Охридската архиепископија, Иако со смалени граници, Охридската архиепископија остана афтокефална црква, а Душан ги потврдил сите нејзини привилегии.
За време на Душановото царство Охридската архиепископија се ослободила од дотогашните стеги на византискиот двор и целосно се осамостоила. Архиепископот не го именувал цар, туку го бирале епископите, кои ги поставувал архиепископот, што значи беш мешање на државните власти. Архиепископијата почнала да ја игра улогата на духовен и културен центар на Македонците кои го чинеле целокупното паство (верници).
Стефан Душан се однесувал со големо внимание и почитување кон Охридската архиепископија. Сите значајни промени во српакста држава се одвивале со учество и благослов на охридскиот архиепископ. Кога во 1346, Душан се прогласил за цар во Скопје, на соборот учествувал и охридскиот архиепископ Николај со синодот. На овој собор охридскиот архиепископ и трновскиот патријарх го прогласиле Јоаникиј II за српски патријарх, а потоа тројцата го крунисале Душан за цар. Се сметало дека охридскиот архиепископ во тој чин го заменува васеленскиот патријарх кој одбил да учествува на крунисувањето.
Душановиот законик бил донесен на соборот на црковните великодостојници и власници во Скопје на 21 мај 1349, а дополнет на соборот во Сер во 1354. Законот бил усвоен со цел да се осигура владетелскиот статус и бенефициите на властелата, Некои преписи на Душановиот законик започнуваат со зборовите: „Законик на пречесниот и христољубивиот македонски цар Стефан, владетел српски, бугарски, унгарско-влашки, далматиниски, арбанашки, и на многу други региони и земји“. Вака гласат загрепскиот, раваничкиот и софискиот препис на Душановиот законик.
За цело време на владеењето на цар Душан ни била доведена во прашање афтокефалноста на Охридската архиепископија. Душан дури го поставил охридскиот архиепископ за почесен член во синодот на Српската црква. Сепак добрите односи со охридскиот архиепископ не го спречиле Душан да одземе од Охридската архиепископија македонски епархии и да ги приклучи на Српската црква. Кога од Македонија и Тесалија ги прогонил митрополитите потчинети на Цариградскиот патријарх, нивните епархии ги приклучил на Српската црква, наместо да ин ги врати на Охридската архиепископија на која и припагале.
За време на владеењето на Стефан Душан, Охридската архиепископија била во добра материјална положба. Душан, а потоа и неговиот син Урош, како и крупните велможи, биле дарежливи во помагањето на Архиепископијата, особено за време на градење и обновувањето на црквите и манастирите во Македонија.
После распадот на Душановото царство, дијацезата на Охридската архиепископија била територијално поделена меѓу повеќе деспотства, односно држави како: кралството на Волкашин, кон кое територијално припаѓал и Охрид – седиштето на Архиепископијата; деспоството на Хлапен, кој владеел со Бер, Воден и Костур во Егејска Македонија; царството на Симеон, кој владеел во Епир. Јужна Албанија и Тесалија; Елбасанското кнежеството и Велбуждското деспоство.
Кралот Волкашин и после него неговиот син Марко ја почитуваа афтокефалноста на Охридката архиепископија. Таа била ослободена од ривалството со Српаскиот патријарх и преставувала единствен црковен авторитет во државата на Волкашин. Тесната поврзаност на Охридската архиепископија со прилепското кралство била толку природна така што и едните и другите единствено се потпирале на една етничка целина – на Македонците. Како што Охридската архиепископија во минатото беше создадена на барање и настојување на Македонците да имаат своја своја црква и духовна самостојност, така и Волкашин се издвоил од Урош, за да го продолжи прекинатиот самостоен политички развој.
За време на Волкашин Охридската архиепископија се издигнала во секој поглед и територијално се проширила. Кон неа биле приклучени призренската, скопската и кичевската епархија. Нејзината јурисдикција ја признавал и деспотот Углеша, брат на Волкашин, кој управувал со Серската држава и на кого стален советник во црковните прашања му бил охридскиот архиепископ. Архиепископот покрај Охрид имал своја резиденција и во Сер, престолнината на Углеша.
Пред опасноста од Турците, деспотот Углеша бил принуден да започне преговори за потчинување на својата деспотовина во црковен поглед на Цариградскиот патријарх. Во 1368 година дошло до формално помирување со цариградскиот патријарх и воспоставување на патријаршиска јурисдикција на земјата на Углеша со што дошло до прекинување на врските со Охридската архиепископија.
По битката на Марица во 1371 година, во која загинаа браќата Волкашин и Углеша, Охридската архиепископија почнала да ги губи веќе стекнатите позиции. Во 1375 година и српскиот патријарх бил принден да испрати делегација во Цариград со молба да ја симнат анатемата фрлена на Српската патријаршија за време на цар Душан. Така Охридската архиепископија останала како острово сред дијацезата на Цариградската патријаршија.
(извор: „Од минатото на македонскиот народ – Охридска архиепископија“ , Скопје, 1969, стр, 59 – 61)
Македонска нација
