Охридската книжевна школа
По смртта на свети Климент и свети Наум книжевната школа ја продолжиле нивните ученици. Тие главно се занимавале со препишување на творбите на светите учители. Многумина од нив од смирение, понизност и почит пред нивното големо дело останале анонимни и непознати. Меѓу непознатите автори се и составувачите на нивните житија. Ова експлицитно е наведено од анонимниот биограф на свети Наум, кој вели дека по наредба на Деволскиот епископ Марко, се зафатил со пишување на житијата на охидските светители и просветители. По повод годишнината од смртта на свети Климент еден друг анонимен автор составил Служба, мошне поетска, која претставува ретко убав споменик на нашата книжевност од овој ран период.
Меѓу непосредните ученици на свети Климент и на свети Наум е и Константин Презвитер, подоцна епископ Преславски. Тој е познат по неговите творби „Азбучна молитва“ и „Проглас кон Светото Евангелие“. Негови се и делата „Поучно Евангелие“ и преводите на „Четирите слова против аријанството“ од свети Атанасиј Велики и „Катехизисот на св. Кирил Ерусалимски“ и многу други.
Црноризец Храбар, чие вистинско име е непознато е исто така продолжувач на делото на свети Климент и на свети Наум. Негови дела се: „О писменех“, кое е апологија на македонската писменост и тој овде ја брани македонската азбука и го заштитува македонското културно дело од страна на горделивите грчки асимилатори. Тој во ова дело напишал: „Македонските букви се посвети и се повеќе за почит, бидејќи се обработени од свет човек, а грчките ги создале Елините, кои биле пагани и незнабошци“.
Црквата во Самоиловото царство
Факт е дека свети Климент Охридскиот чудотворец е основоположник на идната самостојна Охридска архиепископија. По неговата смрт во 916 година со исто темпо и несмален интензитет продолжува процутот на верско, културно и просветно поле на македонската територија. Во овој период во Македонија постоело бројно монаштво, кое било двигател на духовниот подем на македонскиот народ. Територијата на Македонија била поделена на нови македонски епархии, кои биле управувани од македонски епископи. Македонската црква во тогашната силна Македонска држава почнала да функционира како вистинска самостојна Црква со сопствен поглавар и Свет Синод, чие седиште се наоѓало во Преспа, во тогашната престолнина на цар Самоил. Цар Самоил и македонскиот народ се наоѓале во континуирана војна со Византија и не ја признавале јурисдикцијата на цариградскиот патријарх над епархиите во македонската држава. Заради тоа Самоил царската круна ја добил со благослов на Римскиот папа, а локалната црква била воздигната на ранг на патријаршија. Заедно со царската круна папските делегати донеле и црковни симболи за првиот македонски патријарх, Филип. Новиот Охридски патријарх, според вообичаената практика во христијанските држави, заедно со своите црковни великодостојници и со папските делегати, го миропомазал Самоил за цар. Тогаш царската престолнина од Преспа е пренесена во Охрид, а со тоа и седиштето на Патријаршијата. Јурисдикцијата на Охридската патријаршија се простирала низ целата држава на Самоил, а како се ширело Самоиловото царство, така се проширувала и јурисдикцијата на Македонската црква.
Според историските податоци, во склоп на Охридската патријаршија, покрај епархиите во Македонија, влегувале и епархиите во Тесалија, Епир, Албанија, Дукљан, Травунија, Захумље, Рашка, Босна, Срем и подунавска Бугарија. Со покрстувањето на Русите во X век и со првите контакти на Самоиловиот двор со дворот на царот Владислав, од Македонија кон Русија почнала да се движи целата христијанска просвета, култура и писменост. Руската Црква с# до 1037 година се наоѓала во диецезата на Охридската Патријаршија. По битката на Беласица, кога трагично пропаднало Самоиловото царство, византискиот цар Василиј II, сфаќајќи и познавајќи го огромното значење на Охридската патријаршија за балканските и источните народи, не ја укинал нејзината автокефалност, туку само Патријаршијата ја симнал во ранг на Архиепископија. Границите ì останале исти, како и нејзините права и привелегии. Во тоа време под јурисдикцијата на Охридската архиепископија се наоѓале 31 епархија. Охрид станал важен црковен центар за поголемиот дел на Балканскиот Полуостров, кој по значење стоел еднакво со древните духовни катедри, како што се Рим, Цариград, Ерусалим, Антиохија, Александрија и т.н.
По смртта на Василиј II (1025 г.) престанала толерантната политика кон Охридската архиепископија и кон Македонците воопшто. На чело на Охридската архиепископија биле поставувани архиепископи Грци, а тие си поставувале Грци епископи по сите македонски епархии со цел да се погрчи македонското население.
XII век е период кој Македонската црква го памети како време на живеење и дејствување на големите македонски подвижници светите Јоаким Осоговски, Јован Рилски, Прохор Пчински и Гаврил Лесновски. Нивниот аскетски живот бил одличен пример и патоказ за македонските православни души од тој период. Овие преподобни оци и покрај тоа што биле отшелници, сепак околу нив се собирале повеќе нивни духовни чеда кои биле дел од монашките братства на манастирите, кои и ден денес, после девет века се молитвено прибежиште и утеха за македонските православни христијани.
Средновековниот период е време и на појава на многу ереси и погрешни учења во Македонија. Во Македонија активно дејствувале бројни гностички секти од кои најпознати се секако Богомилите – формирани од македонскиот свештеник Богомил, кој борејќи се за социјална правда на населението забегал во крајност и успеал да создаде едно радикално војничко движење, чии принципи се коселе со Евангелието и апостолското предание. Богомилите со својата примамлива реторика најпрво се прошириле во Македонија, а потоа успеале да формираат свои заедници и во другите балкански области. Со текот на времето Богомилите исчезнале од историската сцена, но некои нивни изопачени учења успеале да бидат пренесени и на подоцнежните генерации Македонци. Еден од најзаслужните личности кои придонеле за искоренување на богомилското учење бил секако свети Иларион Мегленски. Тој секогаш во споровите со еретиците излегувал како победник и мнозина од нив успеал да ги врати на вистинскиот пат. Во неговото житие постојат детални описи на неговите беседи и полемики со еретиците. Неговиот живот се карактеризира токму со одбрана на вистинската христијанска вера од наездата на еретиците.
Со распаѓањето на Византија, во втората половина на XII век, се ослободила Рашка, а жупанот Немања успевајќи да ги соедини разделените српски жупанства, во 1170 година се прогласил за велики жупан. Тој сакал во својата држава да создаде самостојна црква. Оваа идејата за создавање Српска автокефална црква била инспирирана од неговиот најмлад син, монахот Сава. Српското црковно прашање, според каноните на Светата црква можело да се реши само со знаење, благослов и содејство со надлежната Охридска архиепископија, но Немања и неговиот син Сава знаеле дека Охридскиот архиепископ Хоматијан нема брзо, според нивните желби, да го реши ова прашање.
Во Бугарија во 1175 година избувнало востание и Асеновците го создале Второто бугарско царство. Во 1176 година била основана самостојна Бугарска црква во лицето на Трновската архиепископија. Второто бугарско царство ја опфатило и Македонија, но ја оставиле и натаму да делува Охридската архиепископија, меѓутоа во намалена јурисдикција за сметка на Трновската архиепископија. Бугарскиот архиепископ ги прогонил сите епископи Грци и на нивно место поставил словенски епископи, кои самиот ги хиротонисал.
Второто бугарско царство се распаднало по смртта на царот Калојан во 1207 година. Тогаш во Македонија, во Просек (Демир Капија) се утврдил севастократот Стрез, кој нормално, успеал да ги привлече кон себе соседните македонски градови, меѓу кои и Охрид. Охридската архиепископија, веќе со многу намалена диецеза, се простирала само на територијата на Стрезовото кнежевство, меѓутоа била ослободена од притисокот на Трновската архиепископија. Интересите на Стрез и на Охридскиот архиепископ се совпаѓале во настојувањето да се зачува независноста на кнежевството и на Архиепископијата. За време на владеењето на Стрез, Охридската архиепископија успеала кон себе да врати некои свои епархии, кои ñ биле одземени од Трновската архиепископија.
По смртта на Стрез (околу 1215 г.) неговото кнежевство било разделено помеѓу Солунското латинско кралство и Епирското деспотство, а Охридската архиепископија ги изгубила своите јужномакедонски епархии – Мегленската и Струмичката. Во меѓувреме, Охридската архиепископија заедно со градот Охрид, потпаѓајќи под власта на Епирскиот деспот Теодор, одново успеала да поврати некои од епархиите што претходно ñ биле одземени. Тогаш, Архиепископијата имала доминантна положба во државата и повторно успеала да ја прошири својата јурисдикција, преземајќи ги одново Скопската, Серската и Сервиската епархија.
Во ова време започнала борба меѓу епископите Грци и Македонци. Во Охрид бил свикан архијерејски собор под претседателство на архиепископот Хоматијан. Епископите биле разделени во две групи: на чело на грчката група стоел Воденскиот митрополит, а македонската група ја предводел Мегленскиот епископ. Спорот настанал околу признавањето на епископскиот чин на епископите кои биле поставени од Калојан. По интервенција на деспотот Теодор Комнен направен е компромис: грчките епископи поставени од Калојан требало да ги напуштат епархиите, а на нивно место да бидат хиротонисани домородни епископи од македонско потекло.
