Како што и било определено, востанието почнало на 2 август 1903 година, на ден Илинден. Тоа се проширило на најголемиот дел од Македонија, но со најсилен интензитет се изразило во Битолскиот револуционерен округ. Согласно плановите за дејство на горските штабови, востаничките единици ги напаѓале воените објекти и силите на турската регуларна армија и на башибозукот во сите реони на востаничката територија.

По започнување на востаничките борби, Централниот комитет на Внатрешната организација, преку Задграничното претставништво, им предал на владите на Големите сили Декларација со која ги известувал за причините што ја натерала Организацијата да го крене востанието, и писмо од Главниот штаб до директорот на источните железници во Македонија, со седиште во Скопје.

Првите акции на востаниците се изразиле во напади врз беговските кули и поседи, во прекинување на телефонските и телеграфските линии. Понекаде нападите биле насочени против месните гарнизони – како во Ресен, кон рушење на патните комуникации. Тоа довело до ослободување на извесни територии, на кои се формирале збегови за избеганото население. Целта на востаниците не се ограничила само со нападите и рушењето на објектите што го олицетворувале омразениот систем, туку таа се насочила и кон освојувањето на територии и населени места, кон рушењето на постојната и изградувањето на нова револуционерна власт. Најречит пример за тоа претставува освојувањето на неколку помали градски места (Невеска и Клисура) и особено на Крушево и организираната револуционерна власт во него.

Горскиот штаб на Крушевскиот востанички реон, на чело со Никола Карев, концентрирал околу 800 востаници за напад и ослободување на Крушево. По повеќечасовни борби, на 2 август Крушево било ослободено. Османската државна власт била елиминирана и била воспоставена македонска револуционерно-демократска власт во градот. Така била прогласена Крушевската република, со сите атрибути на држава во изградување.

На тој начин започнал да се остварува идеалот на поробениот македонски народ, кој во востаничка борба влегол со цел да се ослободи и да создаде своја, македонска држава.

До масовно дигање на народот дошло и во другите реони на Битолскиот револуционерен округ. Во Костурскиот револуционерен реон востаничките акции особено биле интензивни во Пополе, Корешта и Клисурско. Во овој дел на Македонија на 4 август востаниците го зазеле гратчето Клисура и го држеле во свои раце сe до 27 август. На 12 август еден востанички одред од 700 души го освоил гратчето Невеска. Забележително е и овде, како и во Крушево со Крушевската република, формирањето на револуционерна власт, што претставува уште еден придонес во остварувањето на државотворните стремежи на македонскиот народ.

Не помалку биле успешни востаничките акции и во Леринска околија. Овде еден востанички одред од 2.000 борци на 2 август ја нападнал железничката линија кај Екши-Су и наполно ја разрушил. Борби биле водени и по другите делови на околијата, како резултат на што бил ослободен западниот планински дел на Леринско.

Во Охридска околија најсилните востанички акции се развиле во Малесија, Горна и Долна Дебарца и во Ортакол. Овде борбите траеле околу два и пол месеци. Посебно е епична борбата во Охридската околија во планинскиот предел Рашанец, во кој бил организиран збег за побегнатото население.

Во Кичевскиот реон востаниците на 2 август го опседнале градот Кичево. Меѓутоа, до преземање на градот не дошло. И во Кичевско биле формирани збегови. Првиот збег бил формиран во Копачка.

Во Прилепскиот револуционерен реон биле преземени неколку востанички акции. Акциите биле изведени со прекинување на телефонските врски помеѓу Прилеп-Битола и Прилеп-Велес, како и со разрушувањето на некои мостови на патиштата за Градско, Кичево, Крушево и Велес. Биле извршени неколку напади на беговски кули и чифлици, а исто така и8 на турските гарнизони. Најголема била битката кај мариовското село Чаништа, водена со здружени сили на Прилепската и Костурската чета, која се одликува и со добро водени воени акции.

Додека во Битолскиот револуционерен округ било во тек масовно вооружено востание и се воделе жестоки битки, во останатите револуционерни окрузи на Македонија – Солунскиот, Серскиот, Скопскиот и Одринскиот (надвор од Македонија) - поради неподготвеност, биле донесени решенија да не се крева востание, туку борбено да се активираат постојните вооружени чети. Така, во другите делови на Македонија четите ги засилиле нападите врз патните комуникации, помалите воени формации и др.

Во Солунскиот округ биле извршени седум напади на железнишката линија Солун-Скопје, Солун-Битола. Особено страдале железничките мостови на Вардар. Дошло и до остри судирања во Ениџевардарско и Тиквешко.

Во Серскиот округ Окружниот конгрес решол востанието да почне на 14 септември. Акциите требало да имаат партизански карактер и да се одвиваат далеку од населените места. Овде по налог на ЦК дошло до неуспешна соработка со врховистите, која на делото му нанела повеќе зло. До поголеми судири во Округот дошло во Демирхисарско, Мелничко, Неврокопско, Разлошко и Горноџумајско.

Со помал интензитет се одвивале востаничките акции во Скопскиот округ. Овде бил извршен напад врз железничката линија во близината на Велес. До поостри судири дошло во Кочанско и Кратовско.

Со задоцнување биле организирани востаничките акции и во Одринскиот револуционерен округ.

Во целина, во сите револуционерни окрузи се преземале диверзантски акции и се создала состојба на едно општо востание во Македонија. Сепак, тие акции во другите револуционерни окрузи имале ограничено дејство. За цела Македонија не постоело единствено и централно воено-востаничко раководно тело. Тоа и овозможило на османската влада да префрлува единици на турската регуларна армија и да концентрира сили спрема востаничката територија, со огромна војска во Македонија: 167.000 лица пешадија, 3.700 коњаници и 444 топови. Османската држава брзала со сите расположливи сили да го ликвидира востанието. Покрај регуларната војска, таа ги мобилизирала и силите на башибозукот, составени од фанатизирани муслимани. Првата задача на оваа огромна воена сила била со систематски и безобѕирни напади да ги изолира и потоа да ги уништи жариштата на востанието. Главниот востанички штаб, на 12 август 1903 година, преку Информационото биро им предал Меморандум на дипломатските претставници на Големите сили за нивните влади со кој протестирал против варварското однесување на турската војска и масакрите што таа ги вршела над неборечкото македонско население.

Во Битолскиот округ првата цел на ударот било Смилево, потоа Крушево и останатите слободни територии.

По Крушево, турската војска систематски, со тешки борби ги ликвидирала и другите востанички центри во Битолскиот округ. Цели два и пол месеци на територијата на Македонија се водела жестока војна меѓу востанатиот голорак македонски народ и до заби вооружениот турски аскер. Светот бил свидетел на едно жестоко самоубиствено судрување, во кое македонскиот народ со нечуена храброст се обидел сам со свои сопствени сили, да го симне вековното турско ропство, да си извојува право на свој сопствен слободен живот. За овој обид, за својата очајничка храброст бил подложен на тешки масакрирања.

Големите европски сили, кои имале свои посебни и глобални регионални интереси на Балканот, биле единствени во определбата да се сочува статускво состојбата во Македонија, а со тоа и територијалниот интегритет на османската држава. Затоа, на турската влада и дале одврзани раце, со сите сили и средства да го задуши македонското востание и да го врати редот во Македонија. Тие го толерирале масакрирањето на македонското цивилно население, од што се загрозувала демократско - хуманистичката јавност во европските земји.

Македонските востаници, и покрај сите предизвици, до крајот на востаничките борби постапувале според нормите на меѓународното хуманитарно право и се однесувале како завојувана страна со признат легитимитет.

Соседните балкански држави, исто така, биле силно исплашени од масовноста и продолжителното траење на македонското востание. Неговиот успех, во кој било поглед, ќе значеле пораз и крај за нивните освојувачки аспирации спрема Македонија. Затоа, секоја од балканските држави, на свој начин и со различни средства, дејствувале против македонското востание. Во такви услови и изолација, со отворено непријателско опкружување, востаничкото раководство не било во состојба, на еден широк простор, да обезбеди доволно сили за одбрана, а уште помалку да преземе поголеми офанзивни акции. Притиснати од огромната надмоќност на османската војска, востаничките сили биле присилени да минат во одбрана и да се повлекуваат од поголемите населени места.

По неколкумесечни жестоки и исцрпувачки борби, и откако биле согледани и проценети внатрешната положба во Македонија и нејзината меѓународна позиција, Главниот штаб на Востанието донел одлука да се запре востаничката борба. За да се поштеди народот од натамошни погроми и целосно економско упропастување, како и да се зачуваат силите и кадрите на Организацијата, Главниот востанички штаб констатирал дека на повикот за востание народот масовно се кренал под револуционерното знаме и докрај "остана толку единствен и за непријателот толку опасен". Со својата борба македонскиот народ го свртел вниманието на европската демократска јавност, која „се восхитуваше на нашата борба", како и дека "сиот просветен, огорчен од жестокоста на непријателот, побара интервенција на Европа". По сето тоа македонското прашање "беше на пат конечно да се реши во корист на нашиот народ, ако не попречеа некои сили (Русија и Австроунгарија) кои сакаа самите да го решаваат". Оценувајќи го значењето на Илинденското востание, Главниот востанички штаб, во овој документ пишувал дека тоа било големо дело на македонскиот народ, "голем акт што не постави во редот на народите достојни за слобода".

На 12 декември 1903 година Главниот штаб со директивно писмо ги известил реонските началства и војводите дека престанува функционирањето на горските штабови и на сите останати воени востанички органи и тела и дека со тоа тие се ослободуваат од воените должности. Раководењето во Македонија го преземаат револуционерните комитети на ВМРО, која "останува верна на целите и ќе продолжи да дејствува во духот на старата програма".

На 25 декември Главниот востанички штаб донел решение дека престанува неговото функционирање, односно се самораспушти. По распуштањето на штабовите и на другите воено - востанички органи, еден дел од раководните кадри останале во земјата за да ја делат судбината на својот народ. Од попознатите останале со својот народ: Дамјан Груев, Пере Тошев, Ѓорче Петров, Христо Узунов, Ѓорѓи Сугарев, Лазар Поп Трајков, Петар Ацев, Павел Христов и други.

Во текот на Илинденското востание настрадале 201 населено место, биле изгорени 12.400 куќи, 70.836 лица останале без покрив над главата, над 30.000 лица избегале, 8.816 лица биле убиени (од кои 994 востаници).

Илинденското востание, што го организира и изведе Внатрешната Македонска Револуционерна Организација, претставува историски настан што многу длабоко се врежа во свеста на македонскиот народ и тајно ја определи неговата иднина. Остварувањето на Илинденскиот идеал за национално ослободување и за своја држава, за македонскиот народ беше и остана само одложено прашање. Тоа можеше да биде попречувано временски, повеќе или помалку да се одложува, но не и да се спречи. Аманетот на првиот Илинден беше да следува втор, победоносен.

Илинденското востание трајно го определи и местото на ВМРО во македонската национална историја. Името на ВМРО остана легендарно и тоа ја симболизира борбата на македонскиот народ за слобода и за создавање самостојна и независна македонска национална држава. Според тоа, Илинденското востание не заврши со неуспех. Во постојните услови внатре во земјата и однадвор, како и во состојбите на ВМРО по загинувањето на Гоце Делчев, со Илинденското востание објективно повеќе не можело да се постигне. Освен во битолскиот револуционерен округ, во другите револуционерни окрузи, поради субјективни слабости и други причини, било направено многу помалку отколку што можело да се стори.