Со османлиското освојување Охридската архиепископија претрпела големи материјални загуби со одземањето на големи имоти и претворањето на голем број цркви во џамии, меѓу кои биле и катедралната Св. Софија, како и стариот Св. Климентов храм – црквата Св. Пантелејмон во Охрид. Сепак, таа продолжила да функционира како единствена средновековна институција во Македонија која го преживеала освојувањето.
Прилагодувајќи се на новонастанатата политичка ситуација, архиепископијата успеала да го зачува својот автономен и привилегиран статус во новата држава, во чии рамки влегла речиси сета православна екумена на Балканот на чело со цариградскиот патријарх. Секако, тоа било резултат и на толерантната политика на Османлиите кон оваа институција како предводник на доминантните христијани на новоосвоените територии, но и на мирољубивото однесување на нејзините водачи спрема освојувачите. Во почетокот на XV век, користејќи ја благонаклоноста на централната османлиска власт, која била во судир со Византија, Охридската архиепископија успеала да ја прошири својата јурисдикција над Софиската и Видинската епархија, а до почетокот и во текот на XVI век и над Влашко и Молдавија, како и над делови од Српската црква. Во споменатиот век таа успеала да ја приклучи, иако само привремено, и т.н. Италијанска епархија во која влегувале Апулија, Калабрија, Сицилија, Малта, Венеција и Далмација.
Границите на Охридската архиепископија се менувале и зависеле, пред се`, од расположението на властите кон неа. И покрај тоа што тие се` повеќе се стеснувале, а нејзините автономни права се намалувале, сепак, во рамките на нејзините граници постојано останувале 9 митрополии и тоа: Костурската, Пелагониско-битолската, Струмичката, Корчанско-Елбасанската, Бератската, Воденската, Драчката, Гребенската и Сисанската, како и 5 епископства: Дебарско-кичевското, Велешкото, Преспанското, Мегленското и Гора-мокренското.
На внатрешен план, Охридската архиепископија имала своја организациона структура преку која таа ја извршувала својата функција. Центар од каде се раководело останал градот Охрид. Тука било седиштето на архиепископот и на Синодот како највисоко управно и законодавно тело на Охридската архиепископија. Со него претседавал архиепископот, кој можел да биде суден и менуван од страна на Синодот. Архиепископот бил одговорен за функционирањето на црквата, а одговарал и пред османлиската власт за мирот меѓу православните христијани. Архиепископијата се делела на епархии, а сите епархиски архиереи биле членови на Синодот. Архиереите биле одговорни пред архиепископот и Синодот. Костурскиот митрополит бил првопрестолен и заменик на охридскиот архиепископ. Епархиските архиереи имале големи права во раководењето со своите епархии. Тие назначувале свои заменици – архиерејски намесници, ракополагале и назначувале парохиски свештеници, а во манастирите назначувале и разрешувале старешини (игумени). На тој начин хиерархијата се спуштала до најниските верски службеници.
За разгледување на поважните прашања бил свикуван архиерејски собор, како и црковно-народен собор на кој, покрај духовните, учествувале и световни лица, видни граѓани на Охрид. Охридската архиепископија имала и свои црковни судови каде што се разгледувале споровите меѓу христијанските верници, независно од османлиските закони. Всушност, токму преку претставниците на Архиепископијата, заедницата на православните христијани остварувала комуникација со државните власти, притоа, уживајќи голема автономија во областа на своите внатрешни работи и граѓанските права. На тој начин Охридската архиепископија била институцијата преку која на територијата на Македонија и пошироко функционирал милет-системот (ар. миллет – заедница, народ), кој бил воспоставен на територијата на целата империја. Суштината на милет-системот, всушност, се состоела во правото на немуслиманските заедници сами да си ги уредуваат и водат внатрешните работи во поглед на верата и на другите граѓански прашања, како што биле склучувањата бракови, разводите, наследствата, образованието и сл. За функционирање на таа автономија биле задолжени верските претставници на немуслиманските заедници, кои пред османлиските власти одговарале за редот, мирот и почитувањето на законот од страна на нивната паства. Веднаш по паѓањето на Цариград, во Османлиската Империја биле озаконети три главни милети: Рум (православен) милет, Ермени милет и Јехуди (Еврејски) милет. Сето православно население од Балканот влегло во состав на Рум милетот, на чие чело стоел цариградскиот патријарх.
Охридската архиепископија првите сериозни територијални загуби во текот на османлиското владеење ги почувствувала со обновувањето на Пеќската патријаршија (1557 г.). Тогаш северните македонски територии потпаднале под јурисдикција на обновената Српска патријаршија. Истовремено, продолжил и сe` повеќе се засилувал притисокот на Цариградската патријаршија врз автономијата на Охридската архиепископија.
Во врска со таа политика на Патријаршијата со текот на времето сред високиот клер на Охридската архиепископија се формирале две партии: автохтона партија и партија на цариградскиот патријарх. Главната борба меѓу двете партии се водела околу изборот на архиепископот. Засилена од поддршката на моќните фанариоти од Истанбул (грчката духовна и трговска елита), партијата на патријархот се` повеќе ги приграбувала позициите на високото свештенство во
Архиепископијата. Грчкиот јазик се` повеќе бил застапен преку лигургијата, училиштата и црковните записи. Во мај 1763 година Цариградската патријаршија, со силен притисок од фанариотите, се обидела на охридскиот престол да постави свој човек – јеромонахот Ананиј. Но, и покрај тоа што за него Патријаршијата обезбедила и берат од султанот, тој бил одбиен од страна на Архиепископијата и изгонет од Охрид.
За свој архиепископ Синодот го избрал пелагонискиот митрополит Арсениј, по потекло Словен. Тоа бил последниот успех на приврзаниците за автономна архиепископија. По многуте интриги и клевети од страна на Цариградската патријаршија, при што Архиепископијата била претставувана како орудие на Австрија и на Рим, во јануари 1767 година било издејствувано нејзиното укинување. Архиепископот Арсениј бил принуден „доброволно” да поднесе оставка, да ја признае Цариградската патријаршија и да ги приклучи сите архиепископски епархии кон неа. Сето тоа било потврдено со султански декрет, со кој биле озаконети укинувањето на Архиепископијата и присоединувањето на охридските епархии кон Патријаршијата. Охридската архиепископија одиграла многу значајна улога во зачувувањето на верскиот и културниот идентитет на православните христијани на целиот Балкан, како и во ширењето на писменоста сред населението.
Иако највисокиот клер бил грчки, нејзиниот низок клер, свештениците и монаштвото, биле со македонско словенско потекло и токму тие ја остварувале врската меѓу верниците и црквата. Овој низок клер во црквите и манастирите придонел за зачувување не само на православната вера туку и на етничкиот идентитет на македонското население, правејќи ја на тој начин Охридската архиепископија база на македонското православие.
проф. д-р Анета Шукарова
проф. д-р Митко Б. Панов
проф. д-р Драги Ѓоргиев
проф. д-р Крсте Битовски
акад. Иван Катарџиев
проф. д-р ВанчеСтојчев
проф. д-р Новица Велјановски
проф. д-р Тодор Чепреганов
