Врз него се издигнувала голема поликонхална црква и уште една петобродна базилика, двете со крстилници откриени во поново време заедно со мозаичниот украс и бројните склупторски фрагменти.

По варварските пустошења и потреси над старата триконхална ( тролисна ) црква која била запуштена и полуразурната ја обновил и ја издигнал Свети Климент. Кон ова тој додал и притвор а подоцна и нови градби на запад, север и југ. Со тоа се воздигнало жариштето на словенската писменост и светото училиште на рамноапостолот и чудотворец Свети Климент. Тоа е центарот на Охридската книжевна школа и Охридскиот центар на повеќе духовни и научни дисциплини низ кого минале 3500 ученици-идни свештеници, писатели, преведувачи, мисионери, црквени личности од сите степени на хиерархијата. Во неа се чувале најстарите преводи на Библијата и на богослужбените книги на старословенски јазик создадени од Светите Кирил и Методиј според јужномакедонските говори. Светиклиментовата црква се истакнувала со своите складни кружни форми со валчест план и според некои била поубава и од Света Софија во Охрид. По повод 2000 години од раѓањето на Исус Христос, Македонската Православна Црква по повеќе вековни разграбувања успеа да ги врати Светиклиментовите мошти во местото каде што тој почивал по 916 година односно во гробот на десната страна од пронаосот кој што со свои раце го изградил. По неговата смрт Климент бил прогласен за светител а празнувањето на неговиот ден е поврзано со посветата на манастирската црква на Св. Пантелејмон а на истиот ден се празнуваат и Св. Седмочисленици. Основниот храм бил рано прошируван кон запад, бил доѕидан крстообразден простор, носен од четири големи столбови, додека стариот триконхос добил литургиска функција на олтар. Бил изграден и нартекс а на запад црквата добила и камбанарија. Северно и јужно од првиот триконхос настанале параклисите-капели а околу црквата се протегал широк трем. На југозападниот потег од храмот имало две одделенија кои кои едното служело како трепезарија. Во сите делови на црквата се пронајдени делови од фрескоживопис од средновековниот период а фрагменти од истиот се претставени во северниот дел на тремот. Фрескоживописот сочуван на ѕидовите околу олтарот во оригинален вид е конзервиран на првобитното место и во обновениот храм. Најстариот достапен слој на фрески датира од предпалеологовско време насликан во 11-ти и 12-ти век. Како композиции се наведуваат: Визија на Св. Петар Александриски сочувана скоро во целост, остатоци од стоечките фигури на Исус Христос и Богородица Молителка, потоа ликот на Св. Јован Претеча, Св. Климент, циклусите на Големите празници и Христовите страдања, портретите на кесарот Дука насликан со починатиот син Димитриј и повеќе фигури на светци. Хронолошката вертикала на овој храм се протега од праисториски времиња преку античкиот и доцно античкиот период и раното христијанство до развиениот среден век. Светиклиментовата црква функционирала се до крајот на 15-от век кога била разурната до темел од страна на Османлиите а на нејзино место била подигната Султан Мехмед џамијата. Во периодот од 1942 и 1943 година започнати се првите археолошки истражувања и тогаш се пронајдени остатоците потоа истражувањата продолжуваат во периодот од 1964 до 1967 година и тогаш е извршена конзервација на црквата. Во почетокот на 1999 година е прифатено да се возобнови Светиклиментовата манастирска црква „Св. Пантелејмон“ од страна на Министерството за култура на Р.М. а систематските ископувања започнале есента истата година. Во 2000 година се прифатило идејното решение на проектантската група на чело со архитектот, Тања Паскали Бунташеска а голем удел во директните активности имал и искусниот архитект Тодор Паскали а Владо Маленко бил раководителот на археолошките истражувања. Изведувач на возобнувањето бил МИТАН-ПРОМ од Охрид со искусните мајстори од село Пустец, Албанија. Во внатрешноста на црквата пронајдени биле гробови, гробни групации и поголема засведена гробница-крипта во средишниот дел на црквата. Најзначаен од сите гробови е оној на Свети Климент Охридски. Пронајдени се истотака и шест бронзени крстови-реликвијари кои се од двете страни украсени со релјефни претстави а за кои се знае дека се употребувале во времето од 10-ти до 12-ти век. На 8-ми Декември 2000 година на денот на црквата „Св. Климент Охридски“ беше поставен камен-темелникот на црквата со торжествени свечености и високото свештенство на МПЦ со архиепископот г. г. Стефан и високиот државен врв...

Светиклиментовата црква била целосно возобновена до крајот на јули 2002 година таа е тролисна со наос, нартекс со галерија, северен трем, јужен отвор, кубе над олтарниот простор, кубе над централниот простор и камбанарија на западниот дел. Во внатрешноста е зачуваниот живопис од времето на нејзиното обновување во периодот од 11-ти до 14-ти век и остатоци од постари фази на подови кои се презентирани со стаклени површини. При возобновувањето ѕидовите се ѕидале на традиционалниот начин со полуобработен камен-сивец, тули во разни големини и варов малтер. Ентериерната обработка се темели на 4-те аголни столбови кои се во центарот и кои се изработени врз оригиналните темели. Гробот на Св. Климент во кој се наоѓаат неговите мошти се достапни за поклонување на верниците бидејќи се поставени во мермерен саркофаг со дрвен кивот. Иконостасот е изработен од мермер а самата црква е илуминирана со светлечки тела и поставен е систем за вентилација и подно греење. На 10-ти Август 2002 година се изврши литијното пренесување на моштите на Свети Климент Охридски од црквата „Св. Богородица“ Перивлепта во Плаошкиот манастир а на 11-ти Август 2002 година се изврши осветување на црквата и се предаде на владение на Дебарско-кичевската епархија со седиште во Охрид претставувана од Неговото Високопреосвештенство г. Тимотеј, Митрополит Плаошки и Дебарско-кичевски.