Во својата книга „Манастирите во Македонија“ (Софија, 1933 г.), Георги Трајчев во продолжение за манастирите во Скопско во кратки црти известува за манастирите Св. Илија – село Ракотинци, Св. Богородица – Ѓуришки и Св. Богородица – с. Кожле, но и за урнатините и манастириштата  во Скопската котлина.

Македонскиот просветител Јордан Хаџи Константинот – Џинот во својот напис „Јужна страна скопска“ објавен во „Цариградскиот весник“ (01.05.1855) за Ракотинци запишал е најдобро плодно село со цркви урнисани. Георги Трајчев за манастирот кај село Ракотинци во минатиот век ќе забележи:

„Св. Илија“ - Ракотинци - Изграден во 1880 година кај село Ракотинци, кој брои 90 чисто егзархиски куќи. Манастирот е нов изграден кон 1880 година од јеромонахот Јоаникиј, а се освети во 1890 година од митрополитот Теодосиј. Црквата е корабна, светла, средна со нартекс. Соборот се одржува на св. Илија, посетуван од градот и од селата на Каршијака. Наоколу има убави згради, во кое беше сместено селското училиште. Манастирот имаше добри имоти...“

Ѓуришкиот манстир, кој е голем духовен комплекс во Овчеполско, односно во областа Ѓуриште од каде го добива и името, се наоѓа во атарот на селото Крушица, на падините на Градиштанска планина. Во 1907 година во манастирот е одржан Ѓуришкиот конгрес на Скопскиот огруг на Македонската револуционерна организација. За овој манастир, прилепчанецот Трајчев кој е член на Македонската револуционерна организација вели:

„Св. Богородица – Ѓуришки - Тој се наоѓа на југ од селото Крушица, со 40 егзархиски куќи, на едно возвишение во месноста Ѓуриште, кое се граничи со Велешко, Кумановско и Штипско. Црквата е нова, изградена во 1880 година, светла, куполна, со живопис. Згради има доволно, исто и имоти. Во близина е селото Сушица со 100 егзархиски куќи, поради кои и манастирот се спомнува како Сушички манастир. Во септември 1912 година, една турска чета од блиското турско село Иванковци, Велешко, го нападна манастирот и ги фатиле игуменот Исидор, мајка му, куварот, козарот, говедарот, кметот од с. Крушица и уште еден селанец, кои ги врзале и ги убиваат внатре во црквата за одмазда зошто се сомневале дека манастирот е гнездо на нашите чети, бидејќи на патот (каналот) не беа ретки борбите со аскерот. Манастирот се славеше со своето богаство.“

Авторот накратко се осврнува и на Кожленскиот манастир „Рождество Богородично“, (пред XVI век „Св. Никола“), одалечен 1 км од тврдината над селото Кожле. За овој манстир Трајчев ќе напише:   

„Св. Богородица – с. Кожле - Под село Кожле на реката Пчиња, на една карпа со пештера е изградена црквата св. Богородица (Успение Богородично). Селото Кожле брои 80 егзархиски и 18 србомански куќи. Манастирот е стар со мала црква за 40 – 50 души, со нов иконостас. Тој се управува од селото, кое се користи со движниот и недвижниот имот...“

Покрај тогашните активни манастири, Трајчев прави осврт на манстирските урнатини кои се сретнуваат во Скопската епархија, но и за претпоставките каде би можел да биде прочуениот и еден од најбогатите манстири на Балканот во тоа време - Виргински манастир. Тој дава интересни податоци во кои  се вели.

„Урнатини - Св. Недела се наоѓа северно од манастирот Св. Андреј на реката Треска, кој бил потчинет на Шишевскиот манастир св. Никола. По живописот и архитектурата спаѓа кон XIII век. Разрушен бил од арнаути. Околу Шишевскиот манастир имало доста цркви и манстирчиња, кои служеле за аскети и образувале една лавра. Преданието говори дека околу Шишевскиот манастир имало уште 7 други манастири.

Манстиришта во Скопско - Во скопско се спомнуваат следните урнатини од манастри:

1. Најмногу историски податоци има за св. Георги, Виргинското брдо (населението го изговара „Вирпино“, а не „Виргино“).

Разни се мислењата на нашите и странските историчари – археолози за точното место каде се наоѓал тој манстир крај градот Скопје, бидејќи недостасуваат секакви траги од некогашните згради. Бидејќи манастирот бил даруван од византискиот, бугарскиот и српскиот цар поседувал голема имотна состојба.

Како освач и прв ктитор на манастирот се смета „Цар Роман“ (Хрисовула на на цар Константин Тит - Асен). Спор има, сепак, меѓу учените кој Роман е од 6 –те византиски и бугарски кнезови и цареви од   X – IX век со тоа име. Шафариќ кој прв ја објави хрисовулата на цар Константин Тит – Асен, В. К’нчев, Бобчев, Маркович, и другите тврдат дека основател на манастирот е бугарскиот Роман, син на цар Петар (968 - 979); г Ст. Новакович смета дека основател е Гаврил – Роман – Радомир (1014 - 1015), син на Самуил;  Илински за основач го смета византискиот цар Роман IV Диоген (1067 – 1071 г.), а д-р Рад. М. Груик го смета за основател и прв ктитор византискиот цар Роман III Аргир (1028 - 1034). – (Гласник скопског научног друштва кн. I св. I 1925 г.) Петар Дељан (1040 - 1041) го потврдува владението на манастирот. Византискиот цар  Роман IV Диоген го дарува манастирот со села и планините Водно над Скопје; исто го прават и

византиските цареви Никифор III Вотанијат (1078 - 1081); Алекса I Комнен (1108 - 1118); Мануил I Комнен (1143 - 1180); Исак II Ангел (1185 - 1195); бугарскиот цар Колојан (1197 - 1207); исто така го потврдил владението на манастирот Стефан Првовенчани; Тодор Ангел (1205 – 1230); бугарскиот цар Калиман I (1241 - 1246); епирскит цар Јован III Ватац (1252 - 1254).

Бугарскиот цар Константин Тих Асен стигнал до манастирот каде архимандритот Варлам, игуменот ги изнел пред царот сите ... хрисовули, кои манастирот ги имал од претходните владатели. Царот ги прочитал, потврдил, издал хрисовула и го дарувал манастирот уште со нови земји и богаства (В. Кнчев, гр. Скопје, Пер-сп. 1898 г., кн.55/56 стр. 88).

Стефан Милутин во 1300 год. го возобновил манастирот св. Георги, ги потврдил старите права и му дал нови имоти во селата Горно Водно, Нерези и на друго место, каде спомнува за месното население: .... И кој влезе во таа забел, или Србин, или Влах, или Бугарин, да плати р. (100) перпер“ (Ср. Новакович, Законски споменици, Белград, 1912, стр. 216).

Манастирот се наоѓал по северните височини околу Скопје; Топанскиот квартал, близу до реката Серава. Голем дел од неговите владенија се наоѓале тука и низ широкото Скопско поле околу реките: Серава, Вардар, Лепенец, Треска и низ Црна Гора и Водно, како и во Поречјето-Полог и Овче Поле.

Црквата и другите манастирски згради одавна исчезнале. Манастирот пропаднал и опустел набрзо по населувањето на Турците во Скопје (1392). Подоцна, речиси сите материјали од урнатините биле сосема разнесени, па дури и основите раскопани, за да се искористи целото земјиште за ниви и лозја. Иако и денес уште се наоѓаат тука остатоци од византиски тули и мали камења со  ... Со оглед на тие материјали може да се претпоставува дека манастирската црква била изградена во византиски стил, чиишто типични преставници со 5 кубиња од XI – XII век се: црквата Св. Пантелејнон во манастирот Нерези, св. Богородица во Матејче и др.

За самата местоположба на Виргинскиот манастир постојат неколку претпоставки. Стојан Новаковиќ тврди дека манстирот се наоѓал околу тулбето „Гази Баба“ или при „Гази – Иса – Беговата џамија“. Проф.Јор. Иванов, Илински, Иричек сметаат дека манастирот се наоѓал 5-6 километри северно од Скопје под Скопска Црна Гора, на 1 км од село Бутел, западно во една долина меѓу два рида, меѓу кои северно има турска плоча, а јужно турски гробишта. А д-р Груик, имајќи ја предвид хрисовулата од крал Милутин, каде детално се изброени дарувањата на манастирот, тврди дека местоположбата била таму каде што посочивме погоре (во полите на еден рид недалеку од од северната врата на старата тврдина околу градот, од кај Топанскиот кварт).

Во Поречието манастирот владеел 12-14 села околу реката Велика; во Полог имал 5 села; во Прилепско биле две села; во Овче Поле 5 села, со метосите св. Василиј и св. Лука...

2. Западно од село Љубанци, ¼ час недалеку, се забележуваат урнатини од стар манастир св. Иван (Јован), каде има собор на 24 јуни (ст. ст.) Иванден (Јованден).  Св. Архангел Михаил во Скопје се спомнува од Стефан Првовенчани за убав стран манстир (В. Иванова, ибид). Стефан Немања ја поправил црквата. А манастирот треба да суштествувал неколку десетици години пред тоа, При село Борово, крај реката Треска во една пештера има урнатини од манастирот св. Герги, кој се посетува од богомолци спроти праникот.“

Денес, за Виргински манастир за којшто постојат повеќе теории за точната местоположба, широко прифатено е мислењето дека се простирал на Виргинскиот Рид (Виргино Брдо), каде што денес се сместени Султан-муратовата џамија и Саат-кулата.