По смрта на Волкашин и Углеша во битката на Марица во 1371 година, како и по опсадите на Прилеп и Битола во 1385 година, Македонија станала вазална држава на Турците. Со смртта на крал Марко во битката кај Ровине во 1395 година, Македонија веќе ја загубила својата автономија. Така во последната деценија на XIV век најголемиот дел од Македонија се наоѓала под турска власт, а на почетокот на XV век, во 1408 година и Охрид паднал под турска власт.

Меѓутоа, Турците не ја укинале автономијата на Охридската архиепископија, бидејќи во времето на своите освојувачки походи биле толерантни према религијата. Со конечното паѓање на Балканскиот полуостров под турска власт, во границите на турската империја се наоѓале четири самостојни православни вркви: Цариградската патријаршија, Охридската архиепископија, Пеќската патројаршија и Трновската патријаршија.

Но, набргу потоа, со паѓањето на Охрид и Македонија под Османлиска власт, Трновската и Пеќската патријаршија биле укинати, додека Охрдиската архиепископија продолжила да постои. Во тој период одиграла голема улога во зачувувањето на христијанството и била духовна поткрепа за македонскиот народ. Манастирите и црквите биле образовни центри, каде се негувала македонската писменост и култура.

На почетокот на  XV век, со дозвола на византискиот цар, кон Охридската архиепископија биле приклучени Софиската и Видинската епархија, а кон средината на истиот век кон неа биле приклучени уште Влашката и Молдавската епархија. Подоцна кон Охридската архиепископија се присоединиле уште некои православни црковни општини во Далмација и Италија. До обновувањето на Пеќската патријаршија во 1557 година, во рамките на Охридската архиепископија влегувале делови од српската црква.

Иако ја проширила својата дијацеза, Охридската патријаршија претрпела голема материјална штета од Туците. Освојувањето на Македонија било пропратено со пустошење на градовите и селата, како и со пљачкање на христијанските имоти. Со раселувањето на населението, кое бегало пред турското насилие, епархиите ги губеле редовните приходи и осиромашувале.

Градското население во Македонија поради турското насилије и пљачката, почнало да ги напушта своите домови и се повлекувало  во планините. Исто се случувало и со равничарските села во кои се населувале Турците. Исто така, за да го избегнат насилието, особено во западниот дел на земјата, на терените на Охридското езеро и Призрен, по течението на реките Дрим и Радика, доаѓа до исламизирање на населението.

Охридските архиепископи, најчесто Грци, не се труделе да му помогнат на народот. Тие одржувале добри односи со турските власти, што македонското население не можело да го прифати.

Колку повеќе се зајакнувал турскиот феудален систем, толку повеќе се нарушувала автокефалноста на Охридската архиепископија и се влошувала и положбата на христијанското население. Тоа довело и до влошување на положбата на свештенството. Архиепископијата морала да плаќа големи давачки од кои во прво време била ослободена. Во XV век црквата Св. Софија во Охрид, тогашното седиште на Охридската архиепископија, била претворена во џамија. Седиштето на Охридската архиепископија било префрлено во Климентовиот манастир Св. Пантелејмон, но по нејзиното претворање во џамија, седиштето било преместено во Св. Богородица Перивлепта.

Во овој период и многу други цркви во Македонија била претворени во џамии. Покрај, османлискиот терор, Во втората половина на  XVI век Охридската архиепископија почнала да ги губи и териториите од својата дијацеза. Во 1557 година, братот на големиот везир Мехмед паша Соколивич, Макарије, успеал да ја обнови Пеќската патријаршија и во таа прилика на Охридската архиепископија и се одземени не само српските епархии, туку и македонските како скопската, морозвиската и градот Разлог. Во исто време власта на Архиепископијата била поткопана и од страна на Цариградската патријаршија. 

Тешката економска состојба ги принудила ахридските архиепископи и нивните митрополити да заминат низ Европа за да бараат милостиња. Тие најпрво ги обиколуваа западните земји и тоа најчесто Рим каде молеле за помош. Врските со Рим од секогаш се одржувале од политички и економски причини, а не од некое верско убедување. Поради односот на Цариградслата патријаршија, Охридските архиепископи сакаа пред се, преку Рим да остварат врски со католичките држави за да со нивна помош ја ослободат својата земја од Турците.

Ангажирањето на охридските архиепископи за ослободување на Турците го достигна својот врв за време на архиепископот Атанасиј. Кон крајот на XVI век, тој на двапати ги обиколувал европските држави и барал помош за протерување на Турците, ветувајќи дека во Македонија ќе крене востание. 

Во втората половина на XVII век, во Македонија зајакнува руското влијание. Охридските архиепископи и народот полагале надеж во православната Русија, која почнала да се крева како голема сила на меѓународен план. Руските цареви со големите дарувања за црквите и манастирите на Балканскиот полуостров настојуваа да ги охрабрат православните народи и врзувајќи ги за Русија за да ги дигнат во борба против Турција.

Тешката материјална положба на македонскиот народ, а воедно и на Охридската архиепископија, продолжила и во  XVIII век. Зголемен бил и физичкиот терор, а турскиот верски фанатизам го достигнал својот врв. Поради големиот притисок дошло до потурчување на голем број села во велешкиот, мегленскиот и кичевскиот крај. Таквата положба го довело македонското население до потполно осиромашување, што се одразило и на Архиепископијата. Таа западна во огромни долгови кои не била во состојба да ги плати.

Ваквата положба на Охридската архиепископија ја искористила Цариградската патријаршија, која кај Големата Порта настојувала да докаже дека таа е единствена која може да ги врати долговите на Охридската архиепископија, доколку биде укината и придодадена кон неа. Од друга страна, Патријаршијата веќе подолго време ги врбувала епископите на Архископијата.

На крај успела да за Охридски архиепископ наметне свој човек во личноста Ананиј. Меѓутоа поголемиот дел од епископите одбиле да го примат наметнатиот архиепископ, па во желба да ја зачуваат автокефалноста на Архиепископијата, наместо Ананиј на редовниот архиерејски собир избраа нов архиепископ. Тој бил пелагонискиот митрополит Арсениј по потекло Македонец.

Цариградскиот патријарх Самуило одлучил да го зададе последниот удар на Охридската архиепископија. Ја убедил турската власт дека охридските архиепископи се непријатели на Царството и побарал таа да го повика новиот охридски архиепископ Арсениј во Цариград во врска со долговите на Архиепископијата. Таму, под притисок на турските власти и епископите кои Архиепископијата ги испратиле во заточеништво, а кои биле за нејзино укинување, охридскиот архиепископ бил принуден да потише писмена оставка на 17 јануари 1767 година. Со помош на влијателни Грци и Турци, патријархот Самуило го издејствувал султанското ираде со кое се укинува Охридската архиепископија, а нејзините епархии се присоединуваат на Царградската патријаршија. Султанското ираде ги забранувал примање на било какви жалби поради укинувањето на Архиепископијата, со што бил оневозможен секаков протест.  

(извор: „Од минатото на македонскиот народ – Охридска архиепископија“ , Скопје, 1969, стр, 61 - 63)        

Македонска нација